Todas las manipulaciones y movimientos de mercancías en el Depósito Franco de Bilbao se realizan por medio de personal y maquinaria propios.

Administrativamente el Depósito Franco de Bilbao ofrece una rigurosa seguridad en el control físico y contable de las mercancías, basados en la vigilancia directa del personal de seguridad y de un potente sistema informático en conexión con las Autoridades Aduaneras.